Chroniques Scientifiques · 30. novembre 2022

Covid-19 e<t covid-long : Le rôle de certaines bactéries et de leurs toxines dans l'effet inoculum du virus

Covid-19 et covid-long :

Le rôle de certaines bactéries et de leurs toxines dans l'effet inoculum du virus et dans les symptômes décrits, a été occulté dans de nombreux travaux d’infectiologie

Photo 1(8) :

Images TEM (microscope à transmission électronique) de cultures bactériennes de patients positifs pour le SRAS-CoV-2.

(A–C) montre des structures circulaires (flèches bleues) à l'intérieur des cellules bactériennes (I, II, III, IV).

(D–G) : technique de marquage immunogold sur les mêmes échantillons avec la protéine anti-nucléocapside de l'anticorps SARS-CoV-2 (flèches dorées) ; les particules d'or sont à l'intérieur des bactéries. Les flèches rouges montrent la lyse de la membrane bactérienne. Plus précisément, l'image (G) montre le lysat de la membrane de la paroi bactérienne (flèche rouge) et l'anticorps se liant au SARS-CoV-2 N protéine dans la cellule (flèches dorées). (H) : témoin négatif. Voir l’article en téléchargement ci-dessous pour plus de détails.

Pour soutenir ces travaux, nous avons basé notre étude sur les trois questions suivantes, issues de travaux antérieurs de Claude Escarguel microbiologiste.

-Les germes intracellulaires et sans parois (mycoplasma pneumoniae), présents lors de dysbioses, jouent-ils un rôle, tant dans l'orage cytokinique, que dans les syndromes chroniques post infectieux (SCPI) notamment dans le covid-long ? -Certains* antibiotiques ont-ils un effet « virostatique » efficace, tant dans les phases aiguës (macrolides), que dans les formes chroniques (Rifaximine) et pourraient-ils être utiles dans le traitement des covid-longs par neutralisation des ARN polymérases suspectées d'expliquer le rôle d'amplification virale des germes cités? -Ne serait-il pas plus judicieux, une fois ce mécanisme de « coopération bactéries/virus » reconnu par la communauté scientifique, de traiter certaines viroses respiratoires (ou autres : coronaviroses) avec certains antibiotiques « virostatiques » adaptés*, et ce EN AMONT de la réplication virale (dans la bactérie amplificatrice) évitant une charge virale importante, plutôt qu' EN AVAL**, une fois l'inoculum viral élevé, avec un anti viral au coût très élevé et aux effets secondaires fréquents utilisé à une concentration importante pour être efficace sur une charge virale d'autant plus forte que le malade est immuno-déprimé?

A) Le rôle des « coopérations bactéries/virus » Décrit dans les travaux du Pr Luc Montagnier(1), confirmées in vitro (2) dans le brevet EP0649473B1) du laboratoire de recherche d' « International Mycoplasma » et in vivo (3) par l'équipe d'ABC (Association Biologie et Coopération), le rôle des « coopérations bactéries/virus » vient d'être confirmée de façon irréfutable par les leçons tirées de la pandémie covid via la preuve thérapeutique (indirecte) et via la microscopie électronique pour la preuve directe. En dehors des vétérinaires, très peu de recherches ont été publiées (4), concernant l'aptitude des bactéries a amplifier la réplication virale (« coopération bactéries/virus ») et a aggraver une virose, notamment respiratoire, qui, sans cette amplification (relevant le seuil de l'inoculum(5), se révèle, comme beaucoup de viroses respiratoires, peu virulente sur un terrain immuno--compétant (50% d'asymptomatiques et réponse immune faible): c'est le cas du SARS cov-2 aujourd'hui, et peutêtre de l'influenza et du VRS demain selon les études en cours destinées à confirmer les courbes du Pr Lina (membre du conseil scientifique) montrant une superposition entre les pics de Mycoplasma Pneumoniae et ceux des RSV puis des Influenza B? (6).

B) Si les vétérinaires ont beaucoup étudié ces « coopérations bactéries/virus » c'est que les mycoplasmes, germes sans parois ont, contrairement au domaine humain, une traduction clinique aiguë et un impact économique important, en association avec les virus animaux : c'est la « coopération Mycoplasmes/virus » (7-8-9).

Ces germes dits « de culture et de diagnostic diffi cile » (24) ne jouent chez l'humain, en dehors des pneumonies atypiques et des infections génitales, qu'un rôle de « co-facteur » chronique « déclenchant » ou « favorisant », et ce dans des domaines encore peu explorés : les maladies auto-immunes, les syndromes post-infectieux et de nombreux cancers.

-1°) La preuve thérapeutique de l'efficacité paradoxale de certains* antibiotiques dans la phase virale précoce de la covid-19 : l'effet « virostatique » de certains antibiotiques. Tous les médecins du monde entier, ayant utilisé en ambulatoire précoce (dans les 5 premiers jours suivant l'apparition des premiers symptômes) une molécule d'antibiotique spécifique aux germes intra cellulaires, des familles suivantes* : macrolides, cyclines, ou Clofoctol (10) (cf enquête d'ARTE : « le médicament miracle »), ont constaté une chute drastique de la létalité : 0,1% comparé aux 2,3% des patients laissés sous Doliprane. Ces résultats des médecins de ville, confirmant ceux de l'IHU de Marseille, ont été publies (11).La seule différence avec la bi-thérapie de l'IHU est l'absence de l'Hydroxychloroquine (HCQ) interdite par le décret du 26 mars 2020. Le fait que D Raoult se soit focalisé sur l'HCQ a brouillé la piste de l'antibiotique et a entrainé une véritable guerre de religion.Cet effet virostatique de l'antibiotique s'explique par l'inhibition du potentiel amplificateur de certaines bactéries (mycoplasmes-germes intra cellulaires) sur les virus à ARN (cf brevet cité EP0649473B1). Les antibiotiques actifs (macrolides-cyclines-clofoctol) sur les bactéries « cibles » de la « coopération » que semblent être les mycoplasmes et les germes des parodontites, inhiberaient cette réplication et empêcherait l'effet inoculum d'agir notamment sur le dérèglement immunitaire via l'action variable de l'interféron l'IFN. Cet effet inoculum est,d'après l'INSERM, primordial (avec l'état immunitaire du patient) dans l'apparition des formes graves et chroniques (persistance virale dans le shéma ci dessous) a été très bien étudié dans les deux premières coronaviroses (SARScov et MERScov) (12).

Notre hypothèse serait la mutualisation des ARN polymérases des bactéries avec celles du virus la colonisant (effet bactériophage-like). Cette hypothèse est tiré de l'étude des mimivirus (13-14) qui a montré que les ARN polymérases des archées, des bactéries, et des cellules eukaryotes avaient une origine phylogénétique commune. Deux des trois ARN polymérases des eucaryotes auraient une origine virale

Les mollicutes étant les plus proches des virus ce seraient donc les bactéries les plus aptes à favoriser cette mutualisation des ARN polymérase. De plus les images en microscopie électronique de l'attaque de la bactérie par le virus nous montrent que celui-ci doit d'abord fracturer la paroi bactérienne des procaryotes avec paroi : l'absence de paroi des mycoplasmes confirmerai aussi le fait d'être une cible privilégiée des virus ARN.

Cette hypothèse est confortée par l'effet fondamental du Zinc dans le traitement ambulatoire précoce en association avec un macrolide car le Zinc agit sur l'ARN polymérase des virus (15). L'efficacité décrite par Carlo Brogna de la Rifaximine (antibiotique actif sur les ARN polymérases des bactéries, et donc potentiellement sur la réplication virale) dans les covid-longs permettrait d'éviter les résurgences des virions, à l'origine des poussées symptomatiques.

-2°) La preuve en microscopie électronique de la « coopération » de certaines bactéries avec le SARS cov2 : Les récents travaux en microscopie électronique de l'équipe de recherche du laboratoire de recherche Craniomed, dirigée par Carlo Brogna, viennent de confirmer la piste des bactéries coopérantes (16-17), coopération illustrée par un mécanisme « bactériophage-like ») entrainant la libération de toxines bactériennes lors de la lyse des « bactéries coopérantes ».. Ces toxines (18) agissent de façon concomitante avec l'action propre du virus SARS cov 2 et de sa protéine spike sur le SRA (Système Rénine Angiotensine). C'est ainsi que la disparition, fin 2021, du Mycoplasma Pneumoniae (MP), dans tous les centres de surveillance du monde entier, constatée par l'équipe des Pr Grueb et Bébear, et publiée par Patrick Meyer Sauteur(19) au congrès des intra cellulaires de Lausanne (aout 2022), pourrait expliquer la disparition des syndromes de détresses respiratoires en 2022 : syndromes lies à la toxine CARD du MP et à la phospholipase A2 des mycoplasmes : (20-21-22) .Ce « génocide bactérien », lié au SARS cov2, sera-t-il durable ou 2023 verra-t-il une réapparition des formes pulmonaires avec le retour du MP ?(cf 23 : Pr Tcherakian )

B) Ces « coopérations bactéries/virus » joueraient-elles un rôle dans les syndromes chroniques post infectieux et dans la prédisposition des malades atteints de MAI a développer une telle complication ?

• Y aurait-il un dénominateur commun entre Maladies Auto-immunes (MAI) et les divers syndromes post infectieux (SCPI) ?

70 à 80% des MAI et des SCPI concernent les femmes : il y a donc bien une passerelle étiologique entre ces deux pathologies.

• Pourquoi les femmes sont-elles plus sujettes tant aux MAI, qu'aux SCPI ?

C'est à partir de ces données que nous émettons l'hypothèse de la responsabilité de germes quiescents (sans parois ou intra cellulaires ) dans les syndromes chroniques post-infectieux (SCPI), syndromes dont font partie les covid-longs, responsabilité partagée, avec les virus, tant dans la genèse des maladies auto-immunes que dans celle des SPCI qui touchent une majorité de femmes (de 70 à 80%). Les femmes sont beaucoup plus « vulnérables», de par leurs organes génitaux et lors de l'accouchement, aux colonisations par ces types de germes : nous citerons la réceptivité au HIV (24) , le lien potentiel entre Hashimoto et Mycoplasma hominis (25) (fièvres du post-partum majoritairement dues à des intracellulaires ), le lien entre mycoplasmes et cancer du col (intra cellulaires coopérants avec les HPV (26), les endo cervicites, les chorioamniotites, les fièvres puerpérales et les infections materno-foetales qui en sont l'illustration. Genre (féminin), facteurs génétiques (origine ethnique, HLA) et environnementaux sont des facteurs « prédisposants » mais les bactéries et les virus en sont souvent (avec les facteurs environnementaux), les facteurs déclenchants sur des terrains prédisposés. L'endométriose suspectée auto-immune, souvent associée à des post-infections génitales (Chlamydiae Trachomatis) semble aussi être un terrain prédisposant , comme d'autres MAI à la survenue d'un covid-long : Pr D Salmon(27).

• En dehors des germes intra cellulaires d'infections uro-génitales plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes, y aurait-il d'autres germes intra cellulaires impliqués

Les germes intra cellulaires d'origine génitale ne sont pas les seuls à être potentiellement responsables du développement des syndromes chroniques post-infectieux . Nous citerons les mycoplasmes sp, Borellia, Ehrlichia, Bartonella, Babesia, Anaplasma, Coxiella, (germes de diagnostic et de culture difficile :cf Pr Grueb (28) transmis lors de piqures de tiques, de poux, de puces, de moustiques ou araignees, ainsi que de morsures ou de griffures d'animaux domestiques, qui pourraient expliquer les 20 à 30% de covid-longs chez les hommes ( Borrelia, Coxiella). Les mycoplasmes sont majoritairement (60%) retrouvés (quand ils sont recherchés : ce qui est très rare) dans de nombreux syndromes post-infectieux (cf congrès de Dublin aout 2020).

• Par quels mécanismes physiopathologiques « silencieux » ces intra cellulaires, dits de crypto-infections, agiraient-ils tant dans les MAI que dans ces SCPI ?

Plusieurs mécanismes favorisent alors les signes décrits dans ces syndromes chroniques post infect

• – Présence d'auto-anticorps par les mécanismes d'évitement : dissimulation des antigènes de ces germes de crypto-infections aux récepteurs TLR, modification de ces antigènes (Mimicry), par leur implication dans la voie des TH17 (29) et par l'aptitude de certains d'entre eux à « neutraliser » les anticorps produits ( ex mycoplasmes (30).

– Persistance des signes cliniques de façon résurgente : leur localisation au sein de biofilms, les protègent des anticorps secrétés ainsi que des antibiotiques circulants : seules les formes planctoniques au sein desquelles le virus initial (Sars cov2) peut se loger, pourront provoquer l'exacerbation des signes tant par le virus sur le SRA (hypotension, diminution du deuil de réceptivité à la douleur, inflammation, coagulopathies, etc ) que par les toxines du germe (leucotriènes et SAMA) ou par les germes eux-mêmes (germes de parodontites et SIBO) (31-32).

– Détournement de la « conversion phagosomale » (33-34) au sein des macrophages autorisant l'organisme Hôte à héberger de façon chronique le virus si ce dernier est localisé à l’intérieur de la bactérie « coopérante » : la localisation des intra cellulaires est essentiellement située au sein des macrophages. • – Par le métabolisme de ces germes de crypto-infection secrétant, notamment au niveau des endothéliums, des radicaux libres actifs sur l'inflammation, et des toxines au moment de leur lyse, toxines variables selon les germes « coopérants » : diversité de cibles bactériennes pouvant expliquer parfois la diversité des sites touchés et des symptômes selon les patients (CARD et toxine allergisante du MP avec détresse respiratoire et SAMA, LPS des germes de parodontites et colon irritable, Sibo etc..).

– Par les propriétés arginine + des germes les plus fréquemment rencontres (mycoplasmes : M Hominis) qui, par la consommation d'arginine, établit une dépression en NO de la paroi endothéliale avec toutes les conséquences connues (inflammation, coagulation, régulation de la pression artérielle, etc..).

- Par l'aptitude des cellules infectées par ces intra cellulaires, potentiellement « colonisés » par les virus résiduels (virus, virions, particules d'ARN), à produire de façon exagérée des trans-glutaminases (TG2) ( 35), molécules pouvant intervenir en association avec les G4 (36) tant dans la survenue des fibroses chroniques, dans l'apparition d'amyloides responsables de signes cognitifs de type « Alzheimer-like », que dans le développement, assez spécifique des SCPI, de micro-caillots résistants à la fibrinolyse (37) : micro-caillots perturbant la bonne oxygénation tant cérébrale que tissulaire (muscles, organes divers) entrainant une altération des fonctions mitochondriales et donc une fatigue chronique. Les phénomènes de NETose : piège composé d'ADN et de protéines lancé contre les bactéries et virus, peut participer aux mécanismes auto-immuns retrouvés dans les LE ou dans les SCPI (38) : lien encore observé entre MAI et SCPI laissant imaginer les MAI évolutives silencieuses ( diagnostiquées elles sont traitées au Plaquenil (HCQ) qui a une action prophylactique sur l'entrée du virus : cf PH) avec les germes intra cellulaires quiescents comme l'un des facteurs prédisposant aux SCPI : cf travaux antérieurs de l'UPGCS (39).

· La présence de ces germes, colonisés par le virus, sous forme de biofilm permet l'établissement d'une infection persistante « silencieuse » mais pas sans risque à cause des phénomènes inflammatoires chroniques : leur persistance dans le microbiote intestinal entraine un déséquilibre de la flore par lyse des bactéries utiles « butyrate plus » lysées par l'effet « bacteriophage-like »(Bifidobacterium pseudocatenulatum a n d Faecalibacterium prausnitzii ),et une prolifération des germes nocifs rhamnococcus : déséquilibre entrainant des troubles digestifs et la persistance des dys-immunités.

– Ces divers mécanismes expliquent la persistance virale, souvent localisée au niveau du microbiote intestinale, avec les résurgences possibles : les signes de ces résurgences pouvant varier d'un malade à l'autre selon les toxines des germes « coopérants ». Tout traitement doit en priorité essayer d'éradiquer la cause, les germes « booster » du virus, tout en neutralisant les symptômes (digestifs, circulatoire, cognitifs et inflammatoires) lies à l'action directe du SARS cov 2 ou indirecte sur le SRA.

Conclusion.

Microcaillots résistants à la fibrinolyse entrainant une hypoxie périphérique,
signes cognitifs secondaires aux substances amyloides,
auto-anticorps anti-idiotypes,
endothéliopathie,
inflammation chronique,
et asthénie secondaire à une mauvaise oxygénation des tissus,

sont les signes majeurs des syndromes post-infectieux et du covid-long,

avec des variables liées aux toxines impliquées. Le rôle de certaines bactéries et de leurs toxines dans l'effet inoculum du virus et dans les symptômes décrits, justifient un traitement ambulatoire précoce paradoxal( (antibiotique adapté) préventif des formes graves et des covid-longs. Toutefois le traitement des covid-longs, comme celui des syndromes post-infectieux ne doit pas se limiter aux traitements des symptômes (neurologiques, endothélites, micro-caillots, liés aux auto-anticorps, asthénies, dysbioses), mais doit surtout associer de façon alternative les traitements symptomatiques au traitement préconisé ́ par notre étude prenant en compte « la coopération bactérie/virus ».

Pour cela nous proposons aux autorités sanitaires, en partenariat avec les adhérents volontaires de de notre association de malades, tous covid-longs, de participer à un travail de recherche thérapeutique fondée sur nos hypothèses, dans le cadre d'un CPP proposé à la DGS et au ministère de la recherche : notamment l'efficacité potentielle de la Rifaximine, antibiotique actif sur les ARN polymérases pour éradiquer les virus ou fragments viraux (virions) qui peuvent se répliquer dans les bactéries cibles très longtemps après l'infection virale primaire